lncrna芯片

• 简介
• 技术优势
• 数据库
• 实验流程
• 结果展示
• 客户案例
• sci成果

•        长链非编码rna (lncrna)是一类长度超过200nt的rna，它们本身并不编码蛋白，而是以rna的形式在多种层面上（表观遗传调控、转录调控以及转录后调控等）调控基因的表达水平。近年来的研究表明：lncrna广泛参与各种生物学过程，lncrna的异常表达与包括癌症在内的多种疾病密切相关。通过lncrna芯片，研究人员能够快速高通量的获得与特定生物学过程或者疾病相关的lncrna的表达变化，从而为后续的lncrna功能研究或生物标志物筛选提供极大的便利。

         arraystar lncrna芯片可同时检测lncrna和mrna，迄今为止，国内客户采用arraystar lncrna芯片已发表的sci论文已超600篇，其中多篇发表在cancer cell，mol cell，hepatology，blood，embo等国际顶尖杂志上。

         现arraystar lncrna芯片已全面升级至人v.50，小鼠v4.0，大鼠v3.0，新增了lncrna全长信息，并更新或增加了其它注释。

  
  

  芯片特点

  • 检测lncrna表达量灵敏度高、技术成熟，优于rna-seq learn more>>

  • 收录有完备的全长lncrna*，覆盖所有权威数据库与重要文章中的lncrna全长信息 learn more>>
  • 注释lncrna更系统、更专业，包含基因组信息、表观基因组信息*、序列完整性*、亚细胞定位**、mirna识别位点^… learn more>>
  • 设计针对lncrna不同转录本异构体的转录本特异性探针，对不同转录本检测更准确、特异性更高 learn more>>
  • 同时检测lncrna与mrna，便于调控型lncrna与编码蛋白的mrna之间共表达及关联研究

  *适用于human v5.0 ** 适用于human v5.0 和 mouse v4.0

  
  

  aksomics（原康成生物）是arraystar中国区唯一代理商，独家为您提供arraystar公司长链非编码rna芯片全程一站式技术服务。您只需要提供保存完好的组织或细胞标本，aksomics的芯片技术服务人员就可为您完成全部实验操作，并提供完整的实验报告。同时，根据您的研究需要，aksomics还提供各种深入数据挖掘服务。

  arraystar公司lncrna芯片产品列表

  服务	芯片	规格	描述
  human lncrna microarray service	human lncrna array v5.0	8x60k	39,317 lncrnas and 21,174 mrnas
  mouse lncrna microarray service	mouse lncrna array v4.0	8×60k	37,949 lncrnas and 22,692 mrnas
  rat lncrna microarray service	rat lncrna array v3.0	4×44k	10,333 lncrnas and 28,287 mrnas

• 比rna-seq更适合于lncrna表达谱检测
  lncrna一般表达水平低，且在低水平即可发挥功能，使用rna-seq检测时常常被高丰度的rna所遮盖。以下是rna-seq进行lncrna表达研究的局限性：
     •由于lncrnas丰度低和缺少全长注释信息，导致lncrnas的定量不准。
     •rna-seq对剪接体覆盖度差，通常缺少跨越剪接位点的reads，难以准确检测lncrna转录本异构体
     •分析缺少公共lncrna数据库，无法快速的系统性注释和分析lncrna
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  完备、强化的全长lncrna内容
  
       与具有详尽注释的蛋白编码基因不同，lncrnas常常缺乏注释，信息分散且收集不全。arraystar拥有高质量的转录组和lncrna数据库，对各种来源的lncrna进行了全面收集，包括所有权威数据库、高水平文章以及通过独家自有收集流程所得到的lncrna。

      

       arraystar 人 lncrna芯片 v5.0: fantom5 cat (v1), genecode (v29), refseq (更新至 2018.11), bigtranscriptome (v1), knowngene (更新至2018.11), lncrnadb, lncrnawiki, rnadb, nred, cls fl, noncode (v5), mitranscriptome (v2), 从超过 47 tb rna-seq数据中收集lncrna. 共包含 39,317 lncrnas，主要分为金标准lncrna和可靠的lncrna两大类.  learn more>>

  
      arraystar小鼠 lncrna芯片 v4.0: genecode(vm19), refseq(更新至2018.11), knowngene(更新至 2018.11), genbank.
  
      arraystar 大鼠 lncrna芯片 v3.0: ensembl (92.rn6), refseq(更新至2019.1.1).
  
  lncrnas的详细注释和功能分析
      一站式芯片结果包含系统、详细和专业的lncrna注释，如基因组信息、表观基因组信息、子类分析、转录本序列完整性、亚细胞定位、mirna识别位点、物种保守性、组织/细胞特异性及短肽编码潜力、相关的生物学过程以及疾病相关性，帮助您深入了解lncrnas的生物功能和分子机制。 learn more> >
  
  同时检测lncrna和蛋白编码mrna的表达，便于调控型lncrna与编码蛋白mrna之间共表达及关联研究 
  

  
  

  
  

      

• arraystar 人lncrna 芯片v5.0

  探针总数	60,491
  探针长度	60 nt
  探针结合位点	转录本的外显子或剪接位点处设计特异性探针
  探针特异性	转录本特异性
  蛋白编码mrnas	21,174
  lncrnas	39,317 (8,393金标准lncrnas 和 30,924可靠的 lncrnas)
  mrna来源	refseq, ucsc, gencode, fantom5 cat
  lncrna来源	arraystar lncrna collection pipelines: lncrnas from all major databases and literatures up to 2018. “canonical” or “longest” priority assigned to the transcript for each lncrna gene. external databases (current in 2018): fantom5 cat (v1), gencode (v29), refseq (updated to 2018.11), bigtranscriptome (v1), knowngene (updated to 2018.11), lncrnadb, lncrnawiki, rnadb, nred, cls fl, noncode (v5), mitranscriptome (v2) literatures: scientific publications up to 2018
  芯片规格	8 × 60 k

  arraystar 小鼠lncrna 芯片v4.0

  探针总数	60,641
  探针长度	60 nt
  探针结合位点	转录本的外显子或剪接位点处设计特异性探针
  探针特异性	转录本特异性
  蛋白编码mrnas	22,692
  lncrnas	37,949
  mrna来源	refseq, known gene, gencode
  lncrna来源	arraystar lncrna collection pipelines: lncrnas from all major databases and literatures up to 2018. “canonical” or “longest” priority assigned to the transcript for each lncrna gene. external databases (current in 2018): gencode(vm19), refseq, knowngene, genbank literatures: scientific publications up to 2018
  芯片规格	8 × 60 k

  arraystar大鼠lncrna芯片v3.0

  探针总数	38,620
  探针长度	60 nt
  探针结合位点	转录本的外显子或剪接位点处设计特异性探针
  探针特异性	转录本特异性
  蛋白编码mrnas	28,287
  lncrnas	10,333
  mrna来源	refseq, ensembl
  lncrna来源	arraystar lncrna collection pipelines: lncrnas from all major databases and literatures up to 2018. “canonical” or “longest” priority assigned to the transcript for each lncrna gene. external databases (current in 2018): refseq, ensembl literatures: scientific publications up to 2018
  芯片规格	4 × 44 k

• 1.样品总rna抽提

        若实验对象为组织样品，取适量（50-100mg）新鲜组织样品或正确保存的组织样品，加1ml的rna抽提试剂trizol（invitrogen），匀浆后抽提rna。
        若实验对象为细胞样品，每份样品取1×10⁶~1×10⁷细胞，完全吸去培养液后加1ml的rna抽提试剂trizol（invitrogen），裂解后抽提rna。
  2. rna质量检测
         使用nanodrop测定rna在分光光度计260nm、280nm和230nm的吸收值，以计算浓度并评估纯度。
         使用甲醛变性琼脂糖凝胶电泳检测rna纯度及完整性
  3. cdna样品合成和标记
  4.标记效率质量检测
         使用nanodrop检测荧光标记效率，以保证后续芯片实验结果的可靠性。
  5.芯片杂交
         在标准条件下将标记好的探针和高密度芯片进行杂交。
  6.图像采集和数据分析
         使用genepix 4000b芯片扫描仪扫描芯片的荧光强度，并将实验结果转换成数字型数据保存，使用配套软件对原始数据进行分析运算。
  7.提供实验报告
         芯片扫描图
         实验方法中英文报告
         rna质检报告
         芯片数据结果报告，包括差异表达lncrna列表，差异表达基因列表

  
  

  

  常规lncrna芯片研究流程

  
  

• 基本数据分析

  1.  差异lncrna的筛选

         对于每个实验组有三次及三次以上生物学重复的实验设计，我们应用t检验筛选任意两个实验组之间差异表达的lncrna，方差分析（anova）则用于从三个以上实验组筛选差异表达的lncrna，并以邻近（<100kb）mrnas进行注释。aksomics除了提供常规的通过p值筛选的差异lncrna，还提供通过   fdr筛选的差异lncrna。与p值筛选相比，fdr筛选对多重筛选过程中的假阳性率进行控制，是一种更加严谨的筛选方法，更适合于生物学重复较多的临床样本。

         适用范围：一般用于两组或多组实验状态下的比较，建议每组实验至少有3次生物学重复。

  

  
  

  2.  差异表达的lncrna的聚类图

         为了全面而直观地展示样品之间的关系及基因表达差异情况，将表达基因做层次聚类分析。用挑选的基因的表达情况来计算样品直接的相关性。一般来说，同一类样品能通过聚类出现在同一个簇（cluster）中，聚在同一个簇的基因可能具有类似的生物学功能。

         适用范围：两组或多组样品的表达谱数据

  

  
  

  3.  差异lncrna的邻近基因分析

         很多lncrna是通过调控邻近发挥生物学功能，因此通过邻近基因的分析可以为后续lncrna的功能研究提供线索。aksomics将差异lncrnas数据与其临近（< 100 kb）mrnas的差异表达数据整合，以期提供lncrnas的功能推断。

         适用范围：两组或多组数据比较获得的差异lncrna

  1) go分析

         gene ontology（简称go）是基因功能国际标准分类体系。go可分为分子功能（molecular function），生物过程（biological process）和细胞组成（cellular component）三个部分。aksomics对位于差异lncrna附近（< 100 kb），并且差异表达的蛋白编码基因进行了go分析。这一方面便于客户从整体上了解差异lncrna所涉及的go条目，另一方面也为客户挑选lncrna提供了线索：客户可以挑选与感兴趣的go条目相关的差异lncrna进行后续研究。

  

  
  

  2) pathway分析

         aksomics对位于差异lncrna附近（< 100 kb），并且差异表达的蛋白编码基因进行了pathway分析。这一方面便于客户从整体上了解差异lncrna所参与的信号通路，另一方面也为客户挑选lncrna提供了线索：客户可以挑选与感兴趣的信号通路有关的差异lncrna进行后续研究。

  

  
  

  4.  lncrnas的子类分析

         适用范围：两组或多组数据比较获得的差异lncrna

  （1）差异antisence lncrnas与相应mrnas联合分析

         在lncrna中，研究得比较深入的是反义（antisense） lncrna，有超过30%的已注释的人类转录本有相应的反义lncrna。这些反义lncrna通过多种机制在转录水平或转录后水平调控相应的正义（sense）mrna，从而发挥生物学功能。如下图中反义lncrna诱导染色质和dna的表观遗传改变，从而影响相应的正义mrna的表达。aksomics将差异antisense lncrnas与相应的sense mrnas信息进行整合，以推断lncrnas的功能.

   

  *图释：反义lncrna诱导染色质和dna的表观遗传改变，从而影响相应的正义mrna的表达。

   

  
  

  （2）差异enhancer lncrnas与相应mrnas联合分析

         lncrna可以发挥类似增强子的功能，增强邻近蛋白质编码基因的表达，从而在发育和分化等过程中发挥关键作用。aksomics对ørom ua等人在人类细胞系中发现的3千多条具有增强子功能的lncrna 进行了详细的注释，并将差异的enhancer lncrnas与相应的mrnas(<300kb)进行了整合，以帮助客户推断这些lncrnas的功能。

  

  *图释：lncrna作为增强子，增强邻近蛋白质编码基因表达水平；下图：经sirna敲除ncrna后，邻近蛋白质编码基因表达水平下降

  

  
  

  （3）差异lincrnas与相应mrnas联合分析

         lincrnas是目前研究的热点之一。aksomics根据rinn等构建的lincrnas数据库，将芯片中符合标准的差异lncrna挑选出来与相应mrna（< 300 kb）进行联合分析，以推断lincrna功能。

  

  
  

  高级数据分析

  1. cnc（coding-noncoding gene co-expression）分析

         cnc分析是一种通过lncrna和mrna共表达数据，将lncrna与mrna联系起来的分析方法。通过cnc分析可以发现与某个lncrna具有相同表达模式的mrna，通过这些mrna的功能，可以将lncrna与特定信号通路或疾病状况联系起来，从而便于预测lncrna的功能，并揭示其作用机制。

         适用范围：芯片数量≥6张

         aksomicscnc分析结果展示，下图数据来源于aksomics客户已发表的文献（hepatology，影响因子：12.003）：

  

  *图释：lncrna-heih在hcc中的共表达网络。黄色的节点代表lncrna，绿颜色的节点代表与肿瘤生长和药物耐受相关的蛋白编码基因，紫色节点代表功能未知的蛋白编码基因。

  
  

  2. 生物标志物分析

         aksomics还为客户提供包括课题设计到数据分析在内的一站式biomarker分析，以常见的筛选预后biomarker为例，我们首先通过cox回归模型筛选预后相关的lncrna，然后通过logistic regression，nearest template prediction (ntp)等多种统计学方法构建预测模型，然后从中挑选出效果最理想的预测模型用于后续分析。无论是lncrna的筛选，还是预测模型的建立，aksomcis都通过严谨和科学的分析为客户发表文章提供帮助。

  
  

  
  

  
  

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  1.p53响应的lncrna guardin参与维护基因组稳定的功能机制研究（guardin is a p53-responsive long non-coding rna that is essential for genomic stability. nature cell biology, 2018）if:20.06

  作者应用arraystar human lncrna array对带有wt p53表达系统以及没有p53表达的h1299人肺腺癌细胞的lncrna表达谱进行了研究，研究筛选出了一个受p53调控的lncrna guardin。qpcr验证与芯片结果一致，生信分析发现guardin有三个异构体，其中最长的亚型在p53诱导时含量最丰富。接下来作者通过过表达/敲除p53、qpcr、wb、免疫沉淀等实验验证了guardin是p53响应的lncrna。在htc116细胞中，敲除guardin，细胞数目、细胞活力、克隆形成及异移植都明显下降，表明guardin是细胞存活和增殖所必需的。机制研究表明，guardin可以结合mir-23a且能调控mir-23a的靶基因trf2的表达。进一步研究发现guardin可以作为分子支架介导brca1与bard1的相互作用来调控brca1的表达。然后作者通过dna损伤彗星实验发现，guardin敲除后，dna损伤加剧等，表明了guardin对基因组稳定性的作用，而且trf2和brca1共同过表达可以消除guardin下调引起的dna损伤。上述实验表明guardin可以通过调控trf2和brca1的表达促进基因组稳定性。

  2.lncrna gclnc1作为胃癌预后生物标志物及其调控胃癌发生发展的功能机制研究（lncrna gclnc1 promotes gastric carcinogenesis and may act as a modular scaffold of wdr5 and kat2a complexes to specify the histone modification pattern. cancer discovery, 2016）if: 19.783

  该研究首先借助arraystar lncrna芯片检测了10个胃癌患者的癌组织和癌旁组织中lncrna的表达情况。之后作者利用严格的筛选条件（p值<0.01, foldchange>2和原始信号值>1500）从差异表达上调的lncrna中选取了8个指标进行后续的大样本qpcr验证（n=165），以及临床相关性分析，发现lncrna gclnc1的异常表达和胃癌的不良预后高度相关，预示它可以作为胃癌预后诊断的潜在biomarker。接着作者对于lncrna gclnc1是如何调控胃癌的发生和发展进行了深入的功能和机制探究，首先通过gof/lof实验证明lncrna gclnc1可以促进胃癌细胞的增殖、侵袭和转移，然后通过rna-seq、cnc、chip以及chirp等细胞生物学实验和生物信息学分析来挖掘lncrna gclnc1的调控靶点以及相应的调控机制。结果表明lncrna gclnc1可以作为支架分子（scaffold）锚定在邻近基因sod2的启动子区域，然后招募组蛋白修饰酶wdr5和kat2a来顺式（cis）调控基因sod2的表达，从而促进了胃癌的发生和发展。

  
  

• →  h. pylori infection alters repair of dna double-strand breaks via snhg17 the journal of clinical investigation . 2020

  →  long noncoding rna hcp5 participates in premature ovarian insufficiency by transcriptionally regulating msh5 and dna damage repair via yb1 . nucleic acids research . 2020

  →  lncrna jpx/mir-33a-5p/twist1 axis regulates tumorigenesis and metastasis of lung cancer by activating wnt/β-catenin signaling . molecular cancer . 2020

  →  roles of dancr/microrna-518a-3p/mdma cerna network in the growth and malignant behaviors of colon cancer cells . bmc cancer . 2020

  →  long non‐coding rna mediates stroke‐induced neurogenesis . stem cells . 2020

  →  functional implications of cathelicidin antimicrobial protein in breast cancer and tumor-associated macrophage microenvironment . biomolecules . 2020

  → lncrna oprm1 overexpression attenuates myocardial ischemia/reperfusion injury by increasing endogenous hydrogen sulfide via oprm1/mir-30b-5p/cse axis . life sciences . 2020

  →  microrna‐127‐5p impairs function of granulosa cells via hmgb2 gene in premature ovarian insufficiency . journal of cellular physiology . 2020

  →  identification and analysis of key lncrnas in malignant-transformed beas-2b cells induced with coal tar pitch by microarray analysis . environmental toxicology and pharmacology . 2020

  →  a comprehensive evaluation of differentially expressed mrnas and lncrnas in cystitis glandularis with gene ontology, kegg pathway, and cerna network analysis . translational andrology and urology . 2020

  →  long noncoding rna ccat1 inhibits mir‐613 to promote nonalcoholic fatty liver disease via increasing lxrα transcription . journal of cellular physiology . 2020

  →  inflammation and dna methylation coregulate the ctbp-pcaf-c-myc transcriptional complex to activate the expression of a long non-coding rna casc2 in acute pancreatitis . int j biol sci . 2020

  →  the long noncoding rna zfas1 potentiates the development of hepatocellular carcinoma via the microrna-624/mdk/erk/jnk/p38 signaling pathway . oncotargets and therapy . 2020

  → a long noncoding rna cluster-based genomic locus maintains proper development and visual function . nucleic acids research . 2019

  →  lncrna pcat1 activates akt and nf-κb signaling in castration-resistant prostate cancer by regulating the phlpp/fkbp51/ikkα complex . nucleic acids research . 2019

  →  m 6 a-induced lncrna rp11 triggers the dissemination of colorectal cancer cells via upregulation of zeb1 . molecular cancer . 2019

  →  long non-coding rna gbcdrlnc1 induces chemoresistance of gallbladder cancer cells by activating autophagy . molecular cancer . 2019

  →  nkila lncrna promotes tumor immune evasion by sensitizing t cells to activation-induced cell death . nature immunology . 2018

  →  long non-coding rna gman, upregulated in gastric cancer tissues, is associated with metastasis in patients and promotes translation of ephrin a1 by competitively binding gman-as . gastroenterology . 2018

  →  guardin is a p53-responsive long non-coding rna that is essential for genomic stability . nature cell biology . 2018

  →  long noncoding rna lnc-tsi inhibits renal fibrogenesis by negatively regulating the tgf-β/smad3 pathway . science translational medicine . 2018

  →  a 3-lncrna risk scoring system for prognosis of adult acute myeloid leukemia . blood . 2018

  → guardin is a p53-responsive long non-coding rna that is essential for genomic stability. nature cell biology. 2018

  
  

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